Противопоказания к проведению ирригации кишечника: желудочно-кишечные кровотечения, опухоли кишки, острый аппендицит, острый перитонит, после операций на органах брюшной полости.
Противопоказания к проведению ирригации влагалища: острые параметрит, метроэндометрит, пельвиоперитонит и др., во время менструации и беременности, в первые недели после родов и аборта.